（一）行政事务处（外事处与其合署）

    负责中心日常运转工作，承担文电、会务、机要、信息、保密、档案、外事、综合性报告、信访维稳、综合治理、综合协调、督察督办等工作。承担机关资产维护、联络接待、后勤服务、安全保卫等工作。

（二）运输服务处

    承担船舶运输、水路运输统计分析等公益服务工作。开展水路运输经营者业务培训工作。承担水路运输行政审批事项等方面技术支持工作。参与中俄界河运输发展合作有关工作。